Pejabat Setiausaha Kerajaan Negeri Sembilan (PSUKNS) telah ditubuhkan pada tahun 1948 di bawah pimpinan Setiausaha Kerajaan Negeri yang pertama iaitu Encik Othman bin Mohamed yang bertugas dari 1 Februari 1948 hingga 27 Jun 1949. Pada waktu itu bangunan Pejabat Setiausaha Kerajaan Negeri Sembilan terletak berhampiran Taman Bunga Bandar Seremban dan berhadapan dengan Istana Hinggap Paduka Seri Tuanku Yang di-Pertuan Besar Negeri Sembilan. Pada 16 April 1987 keseluruhan Pejabat Setiausaha Kerajaan Negeri Sembilan telah berpindah ke bangunan baru yang berhampiran. Pejabat baru ini telah dirasmikan oleh Al-Marhum Tuanku Ja'afar ibni Almarhum Tuanku Abdul Rahman, Yang di-Pertuan Besar Negeri Sembilan pada 26 September 1987 dengan dikenali sebagai Wisma Negeri.

Pentadbiran PSUKNS terbahagi kepada tiga (3) sayap utama iaitu Pejabat Setiausaha Kerajaan, Bahagian Pembangunan dan Bahagian Pengurusan seperti berikut: